Если гуппи там много лет, и дохнут только взрослые особи, могу предположить последствия инбридинга.
А второй вариант у меня, почему задавал вопросы, туберкулёз.
Более точно, определять вам самому, вскритие нужно делать.
Да, инвентарь продублируйте, а то мало ли, положите всю рыбу в других...